O setor de psicologia da Apae tem como objetivo atuar na avaliação, prevenção e tratamento das diversas deficiências, sendo que, o seu foco é o trabalho com áreas relacionadas à vida mental do aluno, tais como: atividades, raciocínio abstrato... Além disso, tem o objetivo de trabalhar as relações interpessoais e atuar como setor de apoio ao processo pedagógico em todas os setores da instituição.